Depuis qu'il a perdu sa femme, Marin, un poisson clown, se montre trop protecteur vis-à-vis de son fils Nemo. Un jour, ce dernier se fait capturer par un plongeur. Marin, aidé par la jolie Dory, un poisson-chirurgien à la mémoire défaillante, va tout tenter pour retrouver son fils......