À travers l’histoire d’un naufragé sur une île déserte tropicale peuplée de tortues, de crabes et d’oiseaux, La Tortue Rouge raconte les grandes étapes de la vie d’un être humain....

Japon, 10ème siècle. Un vieux coupeur de bambou, Okina, trouve un jour dans un bambou une petite fille miniature. Il l'a ramène à sa femme Ouna, mais au contact de cette dernière, la petite créature se transforme en un nourisson. Passée leur stupeur, le couple décide de l'élever. Le bébé grandit plus vite que la normale tout en s'émerveillant du monde qui l'entoure. Okina trouve d'autres trésors dans le bambou : des pépites d'or et un kimono destiné à une princesse, ce qui lui...

Une communauté de ratons laveurs se bat pour empêcher leur forêt d'être détruite par le développement urbain....