Après plusieurs courts métrages, Jacques Doillon signe son premier long métrage, en 1972, avecL' An 01 qui l'amène à collaborer avec le dessinateur Gébé. Le tout jeune metteur en scène reçoit le concours de deux prestigieux collaborateurs: Jean Rouch et Alain Resnais qui tournent chacun une séquence. En 1974, vient ensuite Les Doigts dans la tête, un film très personnel sur les malheurs d'un boulanger mis à la porte par son patron après s'être révolté contre lui. Cette oeuvre désenchantée, reflet fidèle de son époque, lui permet d'attirer l'attention sur son travail.Lorsque Maurice Pialat décline l'offre de Claude Berri de tournerUn sac de billes, c'est François Truffaut qui suggère au producteur d'engager Jacques Doillon pour mettre en images le best-seller de Joseph Joffo. Après trois ans de silence, il tourne successivement deux films en 1978 : La femme qui pleure et La Drôlesse. Ce dernier film, tourné en réaction contre L' Obsédé de William Wyler, repart avec le "prix du jeune cinéma" du Festival de Cannes 1979 dans lequel il est sélectionné en Compétition Officielle. Dès ses premières oeuvres, Jacques Doillon essaie de privilégier la tendresse humaine à l'habileté technique. Sa méthode est faite d' un travail intense en amont, souvent enrichi d'une participation des acteurs au scénario. La sincérité peut ainsi poindre, qu'il dirige des acteurs inconnus, non professionnels, ou bien des comédiens confirmés comme Michel Piccoli.En 1981, avec La Fille prodigue, Jacques Doillon aborde avec la même tendresse que dans ses films précédents le sujet délicat de l'inceste. En 1984, La Pirate, un film violent dans lequel Jane Birkin joue le rôle d'une femme tiraillée par ses sentiments, provoque de nombreuses réactions diamétralement opposées. Mais Jacques Doillon conserve de farouches défenseurs comme l'atteste le succès du Petit criminel en 1990. Cette histoire d'adolescent qui, après avoir appris qu'il avait une soeur, kidnappe un policier pour aller la retrouver attire plus de 650 000 spectateurs dans les salles françaises, ce qui en fait le plus gros succès commercial de son auteur à ce jour. Jacques Doillon s'affirme de plus en plus comme un fin observateur de l'enfance et de l'adolescence qui sont des prismes de la société dans son ensemble. Le Jeune Werther en 1992, Ponette en 1996, Trop peu d'amour en 1998, Petits Freres en 1999 ou aussi Carrément A L'Ouest en 2001 sont dans cette lignée. Ses films suscitent encore souvent débat. Par exemple, le prix d'interprétation accordée à l'actrice Victoire Thivisol, âgée de quatre ans lors du tournage, pour son interprétation de Ponette, au Festival de Venise 1996, a catalysé beaucoup de tension autour de l'oeuvre d'un cinéaste parfois déroutant. En 2003, la nouvelle mise en scène de Jacques Doillon, Raja, reprend un thème cher au cinéaste: la rencontre impossible entre des êtres que tout oppose. Il y peint la relation passionnée entre un éternel séducteur occidental (Pascal Greggory) et une jeune Marocaine (Najat Benssallem).
