D'origine anglaise, Christopher Eccleston étudie à la Central School of Speech and Drama de Londres. Il fait ses débuts d'acteur sur des scènes prestigieuses telles que l'Old Vic de Bristol ou encore le Royal Court Theatre. En 1991, Peter Medak lui offre son premier rôle au cinéma dans L' Age de vivre. Mais c'est Petits Meurtres entre amis qui le révèle en 1994. Cette comédie cynique sur l'amitié et l'argent révèle en même temps Ewan McGregor et le réalisateur Danny Boyle.Il plonge ensuite dans l'Angleterre du XIXe, avec Jude (1996, Michael Winterbottom), drame adapté du roman de Thomas Hardy. En 1998, il est tour à tour rabbin dans Sonia Horowitz, l'insoumise (Boaz Yakin) puis duc de Norfolk dans la fresque historique Elizabeth (Shekhar Kapur). Un an après, eXistenZ le plonge dans l'univers étrange et fantastique de David Cronenberg.En 1999, il retrouve son compatriote Winterbottom pour With or Without You. Il passe du petit film intimiste britannique à la superproduction hollywoodienne dans 60 secondes chrono (2000, Dominic Sena), puis fait une incursion dans l'inquiétant Les Autres (2001).Passant avec aisance d'un registre à l'autre, il revient au XIXème siècle, en Norvège cette fois-ci, dans Dina (2002, Ole Borneal). Puis il change à nouveau radicalement de décor et d'époque dans l'horrifique 28 jours plus tard (2002), pour lequel il retrouve Danny Boyle.
