Après avoir fait ses classes comme comédien à l'Académie Nationale des Beaux-arts islandaise, Baltasar Kormákur est engagé au Théâtre National d'Islande, où il brille de 1990 à 1997. Il y œuvre aussi comme metteur en scène, et se lance comme acteur au cinéma, dans WALLPAPER : AN EROTIC LOVE STORY de Julius Kemp (1992). Il brille ensuite dans une poignée de films (AGNES de Egill Eðvarðsson, 1995, DREAMHUNTERS de Ásdís Thoroddsen, 1996, L'ÎLE DU DIABLE et LES ANGES DE L'UNIVERS de Friorik Por Frioriksson, 1996, 2000). Il se lance dans la réalisation pour le cinéma, avec la chronique drolatique 101 REYKJAVIK (2001) où Victoria Abril fait des étincelles en Islande. Après ce premier essai qu'il écrit, produit, réalise et interprète, il continue sans s'accorder de rôle avec l'aventure familiale THE SEA (2002) traversée par Hélène de Fougerolles. Il produit ses compatriotes avec DIS (Silja Hauksdóttir, 2004) et STORMY WEATHER de Solveig Anspach (2003) qu'il interprète aux côtés d'Elodie Bouchez et Didda Jónsdóttir. Il joue dans REGINA de María Sigurðardóttir (2001), ME AND MORRISON de Lenka Hellstedt (2001) et dans un petit rôle de NO SUCH THING de Hal Hartley (2001). L'Amérique commence à s'ouvrir à lui, et il signe le sombre A LITTLE TRIP TO HEAVEN (2005) avec Forest Whitaker et Julia Stiles, entre Islande et Etats-Unis. Son polar islandais JAR CITY (2006) d'après le best-seller d' Arnaldur Indriðason triomphe, sur les traces d'une enquête génétique, familiale et mystérieuse dans les terres retranchées de l'île. Il enchaîne avec la comédie de mariage WHITE NIGHT WEDDING (2008) qui reste inédite en salles françaises et retrouve encore l'Islande pour le drame DJUPIO (2012). Lancé sur la scène internationale, il dirige les thrillers américains INHALE (2010) avec Dermot Mulroney, Diane Kruger, Rosanna Arquette, Sam Shepard et Vincent Perez, CONTREBANDE (2011, photo) avec Mark Wahlberg, Kate Beckinsale, Ben Foster et Giovanni Ribisi, et 2 GUNS (2013) où il retrouve Wahlberg, face à Denzel Washington.
