Fils d'une danseuse de Broadway, James Van Der Beek décide de devenir acteur à 13 ans. Il joue alors dans plusieurs petites pièces de théâtre de son lycée. Trois ans plus tard, il part pour New York avec sa mère pour passer des auditions. Il apparaît alors dans des pièces telles que "Finding the sun".En 1994, il obtient une bourse pour la Drew University dans le New Jersey. Un an plus tard, alors qu'il étudie l'anglais et la sociologie, il décroche son premier rôle au cinéma dans Angus suivi d'un second rôle dans I love you, I love you not aux côtés de Jeanne Moreau, Jude Law et Claire Danes.En 1997, sa carrière décolle en décrochant le rôle-titre de la série pour adolescents Dawson's Creek, créée par le scénariste de Scream, Kevin Williamson. L'énorme succès de la série lui permet alors d'obtenir les rôles principaux de American boys et Texas rangers. En 2002, désirant se démarquer de son image de gentil garçon, il est un dealer de drogues pris au piège dans un triangle amoureux dans Les Lois de l'attraction de Roger Avary.