Après des études de philosophie, Jean-Charles Fitoussi signe un court-métrage intitulé Aura été puis devient l'assistant de Christian Merlhiot (Les Semeurs de peste, 1995) et du duo Jean-Marie Straub/Danièle Huillet (Du jour au lendemain). Il réalise ensuite le court-métrage D'Ici-là puis met en scène, en 2003, son premier long-métrage, intitulé Les Jours où je n'existe pas.