Après une maîtrise de philosophie à l'Université de Lyon, Jean-Paul Civeyrac entre à la FEMIS d'où il ressortira diplômé en 1991 avec le court-métrage La Vie selon Luc présenté en compétition au Festival de Cannes.
Une rencontre décisive va marquer son parcours : en Philippe Martin il trouve un producteur et ami qui l'accompagnera au fil de ses films. Il réalise avec son premier long-métrage Ni d'Eve ni d'Adam (1996), une réflexion sociale et amoureuse, et le fait suivre quatre ans plus tard des Solitaires mettant aux prises un homme et son deuil. Grâce à Fantômes, il obtient le Grand Prix du Jury à Belfort en 2001 et, d'inspiration littéraire romantique, il adapte librement Jean de Tinan et réalise Le Doux amour des hommes ou l'impossible rencontre d'un séducteur face à la destinée libre et tragique d'une femme qui lui échappe. Il s'inspire du roman d'Anne Wiazemski Hymnes à l'amour avec son film Toutes ces belles promesses (2003) et le voit récompensé par le Prix Jean Vigo.
Après un retour au court-métrage avec Tristesse beau visage en 2004, Civeyrac cinéaste charnel et cérébral, obsédé par le mythe d'Orphée, réalise le long-métrage A travers la forêt.
Il retrouve Cannes en 2010 et projette à la Quinzaine des réalisateurs Des filles en noir, où il offre à deux jeunes actrices (Elise Lhomeau et Léa Tissier) le rôle d'adolescentes à fleur de peau, en proie à un environnement qui ne sait pas les écouter.