John Musker se forme à l'animation pendant deux ans à l'université CalArts de Californie. Puis il entre dans la firme Disney en 1977, et commence à collaborer aux films maison. Comme assistant sur le moyen métrage LE PETIT ÂNE DE BETHLÉEM de Don Bluth (1978), et comme animateur sur le long métrage ROX ET ROUKY de Ted Berman, Richard Rich et Art Stevens (1981), sur lequel il rencontre son futur comparse Ron Clements.
Ensemble, ils œuvrent comme scénaristes sur TARAM ET LE CHAUDRON MAGIQUE, conte sur les forces du bien et du mal, réalisé par Richard Rich et Ted Berman (1985), puis écrivent et dirigent BASIL DÉTECTIVE PRIVÉ avec aussi Burny Mattinson et David Michener (1986), ou les aventures d'une souris enquêteuse dans le Londres de l'avant 1900.
Ils deviennent ensuite des valeurs sûres des studios Disney, avec de grands succès comme scénaristes, réalisateurs et producteurs, pour la romance subaquatique LA PETITE SIRÈNE (1990) et pour le magique ALADDIN (1992) au pays des Milles et une Nuits, puis ils plongent dans l'antiquité pour HERCULE (1997), et dans le surnaturel pour LA PLANÈTE AU TRÉSOR (2002), qui associe animation traditionnelle et images de synthèse.
Les succès décroissants des derniers films entraînent un arrêt de contrat avec la firme, mais, John Musker, qui apparaît en parallèle avec son comparse dans le court métrage JACK'S GIFT d'Adam Dykstra (2008), remet le couvert avec Ron Clements pour Disney, avec LA PRINCESSE ET LA GRENOUILLE (2009), épopée amoureuse dans la Louisiane des années 1920, entre une femme de chambre afro-américaine et un prince transformé en batracien, qui déplace à nouveau les foules.
