Fils du documentariste Sol Korine, Harmony grandit à Nashville (Tennessee). Fasciné par les films de Buster Keaton, il passe ses journées dans la salle de cinéma locale. Adolescent, il part chez sa grand-mère à New York. Il y entame des études d'anglais, mais découvre surtout le cinéma de Fassbinder, Godard ou Cassavetes, avant de travailler comme assistant de production sur Light Sleeper de Schrader. A Washington Square Park, où il fait du skate avec ses copains, Korine rencontre un jour Larry Clark, qui lui propose d'écrire un scénario. C'est ainsi qu'il signe, à 19 ans, le script de Kids (1995), long métrage-choc sur le quotidien d'ados désoeuvrés au temps du sida. A la même période, il écrit pour Clark le scénario de Ken Park, mais cette oeuvre, encore plus crue, et tout aussi désespérée, ne verra le jour qu'une dizaine d'années plus tard. En 1997, Harmony Korine réalise son premier long métrage, Gummo, bric-à -brac poétique et inventif qui fait la part belle à l'Amérique des laissés-pour-compte. Au générique de ce premier opus très remarqué, notamment à Venise, figure celle qui est alors sa compagne, Chloë Sevigny, également à l'affiche de son deuxième long, Julien Donkey-Boy (1999), film labellisé "Dogme" qui le voit poursuivre ses expérimentations. Mais Korine s'éloignera ensuite des plateaux de cinéma, traversant une longue période de crise (dépression, toxicomanie) et se consacrant à d'autres activités. Joueur de banjo, danseur de claquettes, écrivain, réalisateur de clips, photographe -sa série de clichés sur Macaulay Culkin fit l'objet d'une exposition-, il réapparaît à l'écran en 2005 dans une scène de Last days de son vieil ami Gus Van Sant.