Manuel Palacios suit d'abord des études d'ingénieur technique supérieur de télécommunications. Dans les années 80, il écrit et met en scène des oeuvres théâtrales interprétéés par une compagnie qu'il dirige de 1983 à 1990. Dans le même temps, il réalise de nombreux courts métrages expérimentaux. A partir de 1990, il travaille pour Canal + TV et passe à la réalisation de documentaires et de fictions télévisées (dont un film musical intitulé Bodas de gloria en 1995). En 2001, il réalise Gitan, son premier long métrage de fiction avec Laetitia Casta en tête d'affiche.