Alors que Dana Scully est réaffectée à l’académie du FBI, l’agent Fox Mulder se voit attribuer un nouveau partenaire et est assigné à un rôle d’assistance dans les situations de prise d’otages. Mais lorsque Scully est enlevée et se retrouve dans le coma trois mois plus tard, sans aucune explication apparente, les choses prennent une toute autre tournure.