Cette saison est placée sous le signe du changement. Mulder s’en est allé pour de bon et Scully s’efface peu à peu du devant de la scène. John Doggett a une nouvelle équipière : Monica Reyes et tous les deux s’insèrent dans une deuxième génération d’X-Files. Un nouveau complot, une mythologie inédite pour un duo tout neuf à la dynamique intéressante livrent au téléspectateur quelques bons moments mais on est bien loin de l’effervescence passée. Le succès déserte et la série s’achève finalement.