John Doggett se réveille en piteux état au Mexique. Il réalise qu’il est devenu amnésique lorsqu’il découvre qu’il est incapable de se souvenir de son identité. Les seuls souvenirs qui lui restent en mémoire sont des images de son fils Luke, qui a été kidnappé et tué quelques années plus tôt. Livré à lui-même, il finit par rencontrer en prison l'un des plus gros bonnets de la ville qui lui propose de travailler pour lui. De leur côté, Scully et Reyes décident de partir à sa recherche…
Titre original de l'épisode : John Doe
Titre de la série : X-Files : aux frontières du réel