Un agent de sécurité est attaqué dans le métro de la ville de Boston. Son cadavre est retrouvé, la chair à moitié dévorée. Cette mort étrange conduit les agents Doggett et Scully à investir les couloirs souterrains désaffectés du métro. Doggett est envoyé sur les lieux avec une équipe tandis que Scully supervise les opérations de la surface. Ils découvrent l’existence d'une forme de micro-organisme d’origine marine. Il semblerait alors que cette créature marine contamine les êtres vivants par le biais d’une sécrétion chimique, recouvrant ainsi le corps de ses victimes d’une étrange substance verte…
Titre original de l'épisode : Medusa
Titre de la série : X-Files : aux frontières du réel