L’agent Doggett et le directeur adjoint Skinner enquêtent sur les meurtres de deux agents du FBI retrouvés morts à côté d’un bâtiment qui abrite une secte. Ils découvrent alors que les membres de la secte ont été massacrés à la hache et que leur chef a disparu. Doggett va devoir mettre son scepticisme de côté pour résoudre cette étrange affaire tandis que Scully se rend à l’hôpital pour y faire de mystérieux tests…
Titre original de l'épisode : Via Negativa
Titre de la série : X-Files : aux frontières du réel